I ribelli continuano a lottare contro le macchine per la definitiva liberazione della specie umana dal giogo della schiavitù. Capeggiati da Neo, essi percepiscono l'inasprirsi della battaglia quando vengono scoperti i piani delle macchine di penetrare nel cuore della terra e distruggere Zion. Morpheus e altri che credono nelle doti dell'Eletto, ignorando l'ordine generale di ritornare a Zion per fermare l'avanzata delle macchine nel mondo esterno, si tengono fuori dalla cittadella per potersi connettere costantemente a Matrix, nel caso si rifaccia vivo l'Oracolo per novità.
Neo, che ha già fatto propri poteri come volare e leggere il codice di Matrix direttamente dal mondo virtuale, sviluppa anche la preveggenza; i suoi sogni sono tormentati dall'immagine di Trinity che muore nel mondo virtuale. Durante un incontro con l'Oracolo, in effetti, gli viene detto che dovrà "comprendere" una scelta che, in cuor suo, lui ha già fatto. Le due possibilità tra cui scegliere sono salvare Trinity dalla morte o fermare le macchine.
Neo incontra Smith, che, ormai, non è più un agente, ma un programma rinnegato. In precedenza, Smith aveva avuto il compito di uccidere Neo e Morpheus; avendo fallito, essendo stato distrutto da Neo, esso avrebbe dovuto anche essere cancellato da Matrix, per lasciare posto alla nuova generazione potenziata di agenti. Per non essere cancellato, esso si nascose all'interno di Matrix, diventando una sorta di "virus informatico" di Matrix stessa (essendo Matrix un programma). Con il tempo, anche lui ha avuto la possibilità di acquisire nuove capacità; in particolare, ora è in grado di trasformare in copie di se stesso sia gli utenti di Matrix, sia i nuovi agenti potenziati. Questo avviene attraverso un processo di sovrascrittura, nel quale Smith infetta un altro, esattamente come un virus. Questo avrà rilevanza soprattutto nella terza parte di Matrix, Matrix Revolutions.
Neo è costretto a fuggire.
Smith si sovrascrive su Bane, uno degli utenti liberati dal mondo virtuale, e questo gli dà la possibilità di uscire nel mondo esterno, all'interno del corpo ospite. Con il nuovo corpo si mette subito all'inseguimento di Neo, ma viene bloccato dal capitano del malcapitato, che non intende seguire i vaneggiamenti di Morpheus e lasciare indifesa Zion.
Neo incontra Smith, che, ormai, non è più un agente, ma un programma rinnegato. In precedenza, Smith aveva avuto il compito di uccidere Neo e Morpheus; avendo fallito, essendo stato distrutto da Neo, esso avrebbe dovuto anche essere cancellato da Matrix, per lasciare posto alla nuova generazione potenziata di agenti. Per non essere cancellato, esso si nascose all'interno di Matrix, diventando una sorta di "virus informatico" di Matrix stessa (essendo Matrix un programma). Con il tempo, anche lui ha avuto la possibilità di acquisire nuove capacità; in particolare, ora è in grado di trasformare in copie di se stesso sia gli utenti di Matrix, sia i nuovi agenti potenziati. Questo avviene attraverso un processo di sovrascrittura, nel quale Smith infetta un altro, esattamente come un virus. Questo avrà rilevanza soprattutto nella terza parte di Matrix, Matrix Revolutions.
Neo è costretto a fuggire.
Smith si sovrascrive su Bane, uno degli utenti liberati dal mondo virtuale, e questo gli dà la possibilità di uscire nel mondo esterno, all'interno del corpo ospite. Con il nuovo corpo si mette subito all'inseguimento di Neo, ma viene bloccato dal capitano del malcapitato, che non intende seguire i vaneggiamenti di Morpheus e lasciare indifesa Zion.
Neo viene a sapere che esiste una porta in un palazzo che permetterebbe all'Eletto di raggiungere la sorgente (il Mainframe di Matrix) e di mettere fine al mondo delle macchine. Per aprire tale porta serve una chiave posseduta dal Fabbricante di chiavi, imprigionato nel palazzo del Merovingio e di sua moglie Persefone. Il Merovingio è sopravvissuto all'Eletto in tutte le precedenti versioni di Matrix (quindi, in totale, sei software, Neo compreso); ora, essendo un programma superato, si trova in esilio in un ambiente criptato e quindi nascosto dal resto di Matrix. Qui si recano dunque Morpheus, Neo e Trinity e liberano il Fabbricante di chiavi che consegna la chiave a Neo.
Neo con la chiave entra all'interno della porta di luce, ma nel frattempo Trinity è rimasta intrappolata all'interno di Matrix per via di un agente potenziato che la tiene in scacco. Neo incontra quindi l'Architetto che gli espone la realtà dei fatti: prima di lui sono esistiti altre cinque versioni di Matrix e corrispondenti eletti e ognuno di loro, giunto dall'Architetto, è stato portatore del codice originale consentendo di ricaricare Matrix, evitando in questo modo il crash del sistema. La necessità del reload era dovuta ad una anomalia sistemica causata a sua volta da un rifiuto istintivo degli umani al sistema Matrix. Per ridurre tale fenomeno era stato ideato nella psiche degli uomini controllati con Matrix, una finta possibilità di scelta a livello di inconscio ideato da un altro programma, l'Oracolo, realizzato per analizzare la psiche umana. Si manteneva comunque un 1% di casi di persone che rifiutavano il sistema e che andavano a popolare Zion. Per controllare la ribellione, le macchine periodicamente andavano a distruggere Zion che contestualmente all'eventuale crash del sistema avrebbe causato la distruzione dell'intera razza umana. Lo SCOPO dell'eletto era da un lato ristabilizzare il codice evitando il crash del sistema e dall'altro scegliere 23 persone all'interno di Matrix (16 femmine e 7 maschi) da salvare per ripopolare Zion. L'architetto spiega a Neo che anche lui si trova di fronte ad una scelta: da un lato seguire il suo SCOPO e dall'altro tornare in Matrix per salvare Trinity. Ma Neo sceglie di non ubbidire nella speranza di salvare Trinity rischiando quindi l'estinzione della razza umana.
Neo vola da Trinity che gli muore tra le braccia. Ma tramite la manipolazione della realtà virtuale riesce a estrarre il proiettile dal corpo della donna e a massaggiarle il cuore a mani nude, riportandola così in vita. I due si disconnettono, per poi scoprire che le sentinelle ora possono distruggere la loro nave tramite il lancio di bombe,tenendosi fuori dall'azione degli impulsi elettromagnetici. A questo punto l'intera truppa abbandona la nave. Neo però afferma di sentire qualcosa di diverso (il sistema era stato "reloadato", cioè ricaricato) e che riesce a percepire le sentinelle. Nel momento in cui una di queste sta per arrivargli addosso, in qualche modo, come neutralizzata da un impulso elettromagnetico, la sentinella viene distrutta. Anche se al momento non appare chiaro, i poteri di Neo sembrano ora estendersi anche al di fuori di Matrix. Neo cade a terra privo di sensi. La sua squadra lo soccorre e vengono tutti salvati da una delle poche navi sopravvissute all'attacco delle sentinelle e agli impulsi lanciati da altre navi per errore. Viene ritrovato inoltre un unico superstite oltre loro che si rivelerà essere proprio Bane, anch'egli privo di sensi.
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